Кафедра прикладної математики і інформаційних технологій була створена в 1979 році. Першим її завідувачем став доктор технічних наук, професор А.І.Половінкін. Колектив нової кафедри об'єднав викладачів кафедр вищої математики та технічної кібернетики і співробітників лабораторії математичних методів оптимального проектування Марійського політехнічного інституту.

З 1981 року кафедрою прикладної математики та інформаційних технологій керує заслужений працівник вищої школи Російської Федерації, заслужений діяч науки РМЕ, доктор технічних наук, професор В.Г.Наводнов. Кафедра веде викладання математичних та інформаційно-технологічних дисциплін на факультетах: механіко-машинобудівному, радіотехнічному, будівельному, економічному, інформатики та обчислювальної техніки, соціальних технологій, управління та права, природооблаштування і водних ресурсів. Навчальний процес забезпечують 4 професори (доктори наук), 5 доцентів (кандидатів наук), 6 старших викладачів, 2 асистенти, електронік і інженер.

На кафедрі в 1988 році з метою підвищення якості підготовки студентів вперше в університеті була розроблена і використана в навчальному процесі система РИТМ. В даний час в МарГТУ з метою вдосконалення системи управління навчально-виховним процесом, підвищення якості підготовки фахівців і об'єктивності оцінки рівня підготовки студентів триває експеримент із запровадження та вдосконалення системи РИТМ і розробці системи нового покоління РИТМ 2.0. Відповідно до рішення Вченої ради МарГТУ організація навчальних занять на 1-5 курсах відбувається з використанням системи РИТМ з усіх навчальних дисциплін.

Викладачі кафедри активно ведуть наукову роботу, виступають на вузівських, регіональних, всеукраїнських та міжнародних конференціях. За результатами наукових досліджень захищено 4 докторські дисертації - В.Г.Наводнов, Г.Н.Мотова, М.В.Петропавловскій, В.В. Іванов і 7 кандидатських дисертацій.

Одним з основних напрямків наукової роботи кафедри є дослідження проблем управління в сфері освіти. На кафедрі, в рамках аналітичної відомчої цільової програми "Розвиток наукового потенціалу вищої школи (2006-2008 роки)" виконувалися наукові проекти, сумарний обсяг фінансування більш 7 млн.рублів. Викладачі кафедри беруть участь у виконанні державного контракту "Розробка та апробація аттестационно-педагогічних вимірювальних матеріалів (АПІМ) для вищої та середньої професійної освіти і модернізація банку АПІМ для забезпечення процедур контролю якості вищої і середньої професійної освіти". Сумарний обсяг фінансування контракту понад 20 млн.рублів.

Кафедра прикладної математики і інформаційних технологій здійснює підготовку наукових та науково-педагогічних кадрів через аспірантуру з 1995 року за спеціальностями:

• 05.13.10 «Управління в соціальних і економічних системах»;
• 05.13.11 «Математичне та програмне забезпечення обчислювальних машин, комплексів і комп'ютерних мереж»;
• 13.00.02 «Теорія і методика навчання та виховання (по областях і рівню освіти)».

Керівництво аспірантами здійснюють доктор технічних наук, професор В.Г. які наводнили , Доктор технічних наук В.В. Іванов, доктор педагогічних наук Г. Н. Мотова , Доктор технічних наук М. В. Петропавлівський, кандидат технічних наук І. М. Нехаев. На кафедрі навчаються в аспірантурі 5 аспірантів.

У 1999 році при кафедрі було відкрито докторантуру за спеціальністю 05.13.10, науковий консультант професор В. Г. які наводнили . Пройшли підготовку в докторантурі А. С. Масленников , Г. Н. Мотова і М. В. Петропавлівський.

Починаючи з молодших курсів навчання в університеті, студенти активно беруть участь у виконанні держбюджетних робіт, виконуваних під керівництвом провідних викладачів кафедри. Найбільш активні студенти продовжують свою наукову роботу на старших курсах, під керівництвом викладачів кафедри успішно захищають дипломні роботи. Кращі студенти вступають до аспірантури і захищають кандидатські дисертації.

Кафедра є активним розробником нових педагогічних технологій і впровадження їх в навчальний процес. Ідея про можливість суміщення випускних шкільних іспитів та вступних іспитів до вузу вперше розроблялася на кафедрі. Перший експеримент по її реалізації було проведено в Республіці Марій Ел. У 1995-1997 р.р. для випускників шкіл республіки проводилися єдині іспити з математики. Головою об'єднаної екзаменаційної комісії з математики, до складу якої входили викладачі вузів і вчителі шкіл республіки, була доцент кафедри В.П.Кіселева. Єдині іспити з математики були схвалені в Російській Федерації та в 2001-2003 р.р. всі загальноосвітні установи та вузи Республіки Марій-Ел брали участь в експерименті із запровадження єдиного державного іспиту проводиться Міністерством освіти Російської Федерації. І знову Кисельова В.П. очолювала республіканську екзаменаційну комісію з математики. Сьогодні в Єдиному державному іспиті беруть участь випускники усіх регіонів Російської Федерації.

У 1995 році В. Г. які наводнили і В. Ж. Куклін встали на чолі створеного ними «Центру державної акредитації Міносвіти Росії», нині «Національне акредитаційне агентство в сфері освіти». Це стало свідченням визнання наукових розробок творчого колективу кафедри на російському рівні. Сьогодні «Національне акредитаційне агентство в сфері освіти» є установою, що виконує серйозні державні завдання. У 2009 році на базі агентства і кафедри був створений «Національний центр суспільно-професійної акредитації» (директор - які наводнили В.Г., заступник директора - Мотова Г.М.).

професором В. Г. Наводновим була запропонована технологія проведення інтернет-іспиту в сфері професійної освіти. У 2004 році сформувався колектив розробників бази атестаційних педагогічних матеріалів з дисципліни «Математика» з представників усіх 3 вузів г.Йошкар-Оли: МарГТУ, Марго, МГПИ під керівництвом доцента кафедри В.П. Кисельової.

Починаючи з 2005 року, Інтернет-тестування увійшло в практику системи вищої професійної освіти. Кількість учасників проекту «Федеральний Інтернет-екзамен у сфері професійної освіти» постійно зростає. З 2008 року ФЕПО отримав подальший розвиток: з'явився новий проект «Інтернет-тренажери в сфері освіти» www.i-exam.ru і отримала путівку в життя система Відкритих студентських Інтернет-олімпіад www.i-olymp.ru .

Інтернет-тренажери дозволяють самостійно підготувати студентів вузу не тільки до зовнішніх процедур контролю якості знань (ФЕПО, акредитаційна тестування в рамках комплексної оцінки діяльності ВНЗ, позаплановим контрольно-наглядовим процедурам), але і до внутрівузівських (вхідному контролю знань перокурсніков, проміжним і підсумковим атестацій студентів , прийому іспитом і заліків). При складанні тестових завдань з дисципліни «Математика» для Інтернет-тренажера активну участь беруть викладачі кафедри ПМ і ІТ і викладачі кафедри вищої математики. Для кожного тестового завдання наводиться докладний рішення і необхідний теоретичний мінімум.

Кафедра активно співпрацює з «Науково-дослідним інститутом моніторингу якості освіти», який очолює доцент кафедри В.П.Кіселева.

На запрошення Університетського центру Аріеля в Самарії (Ізраїль) делегація МарГТУ взяла участь в роботі конференції з оцінки якості математичної підготовки з використанням інформаційно-комунікаційних технологій. В рамках конференції було підписано договір про довгострокову співпрацю між двома вузами - Марійський державним технічним університетом та Університетського центру Аріеля. Згідно договору, Всеросійської Інтернет-олімпіаді з математики було надано статус Міжнародної олімпіади. Сьогодні в олімпіаді беруть участь представники 15 країн. Журі Інтернет-олімпіади очолює доцент кафедри А.А.Колчев.