У 1811 році Агинського буряти восьми Хорінськ пологів запросили тайша Галсана Мархаева для визначення місця будівництва дацану, який буде називатися Агінським дацаном. Перед тим як Мархаеву вибрати місце будівництва Агинского дацану, йому приснився сон, де він почув звуки молебню, сміх хувараков і гавкіт собак, через що тайша зупинив свій вибір саме на місцевості Булактуй.

Для будівництва дацану були запрошені російські муляри і теслі, які побудували до цього Согчен-дуга в Анінском дацане, так як в цей час була тенденція будівництва кам'яних дацанов. Будівля була першим кам'яним Дуганом серед існуючих дацанов в Агинской степу.

Після закінчення будівництва в 1816 році Агинського буряти запрошують на «рамнай» - освячення Дугана Рінчін ламу, шереете Дирестуйского дацану «Лхундуб Деченлінг», нині Джидинского району р. Бурятія. Рішення запросити для «рамнай» ламу з Дирестуйского дацану, було прийнято, ймовірно, через те що цей дацан зберігав нейтралітет, під час існуючого в той час суперництва між Гусиноозерская (Тамчінскім) дацаном, новою ставкою Хамбо лами і впливовим Хілгантуйскім дацаном «Балдан Брайбун », заснованим першим Пандіто Хамбо ламою Дамба-Даржа Заяєв.

Рінчін лама освячує дацан і дає йому назву Дерестуйского дацану «Лхундуб Деченлінг», тільки помінявши місцями словосполучення, в результаті: «Дечен Лхундублінг». За всю свою історію Агинский дацан зберіг традиції, де сакрально-кармічний зв'язок між двома дацанами стає очевидною, і вже нове покоління лам приїжджає з Джидинского степу в Агінський дацан для навчання практиці хурали і садхане Сахюусана Жамсаран. Студенти, які приїжджають з Бурятії навчатися в Агинском дацане, в основному, вихідці з Джидинского району.

Першим шереете ламою Агинского дацану обирається Рігден Пагбаев, унзад лама Тугнугалтайского дацану Хорінськ бурят, з численного роду Харгана. Тут очевидно, що Агинського буряти хотіли бачити першим шереете ламою свою людину, що належить до восьми Хорінськ пологів.

У ті часи більшість лам з хори-бурят навчалися в тибетській провінції Амдо, в монастирі Лавран. Однак досить довго (до середини XIX ст.) Систематичне філософське і тантрийских освіту отримати в бурятських дацанах не було можливості, і за знаннями лами відправлялися в сусідні Тибет і Монголію. За повідомленням Б. Б. Барадійна, «монгольські лами, потім і буряти з 2-ї половини минулого століття, в багатьох стали відвідувати Лавран, так що в даний час духовний вплив Лаврана на всю Монголію, і на бурять, у всякому разі, не поступається самій Лхасі ». Відомо, традиції цього монастиря надали виключно великий вплив на формування і розвиток шкільної освітньої системи і викладання повного циклу буддійських дисциплін в Цугольскій і Агинском дацанах, це пояснювалося духовної і географічною близькістю регіонів. Мабуть, виходячи з цього, Агінський дацан наслідує традиції монастиря Лавран.

У 1858 році Агинской степової думою обирається тайша Тугулдур ТВБВ з роду хуасай. У тому ж році в Агинском дацане обирається на посаду шереете - син Тугулдура Тобоева, Галсан-Жімба Тугулдуров. В результаті цього впливового родинного тандему в 1861 році відкривається школа цаннід - філософський факультет. З відкриттям філософського факультету в Агинском дацане навчання філософії стає обов'язковим для всіх лам, необхідним як для внутрішнього зростання, і положення. Єврейська дацан пишається своїми видатними вченими, філософами, в числі яких слід назвати Лобсан-Осоріо Сереней, Найдан-доромбо, Золтин-лхарамба, Соднам-Жамс Жігжідей, Данзан-Жамс Цибікова, Галсан Хейдуб і інші.

При шереете Г-Ж. Тугулдурове, на початку 60-х рр. XIX ст. була заснована монастирська Видавничий, яка з часом стала визнаним центром видавничої діяльності Забайкалля. За час її існування була видана практично вся необхідна для вивчення і навчання в монастирях канонічна навчальна література з богословських дисциплін (філософії, логіці, астрономії, астрології, тантризму, вина, медицині і т.д.), а також обрядова література, яка використовується під час проведення хурали і різних ритуалів.

Завдяки друкованої діяльності, слава про його освічених ламах і про їхніх працях, про високий рівень монастирських шкіл поширилася по всьому буддійському світі Центральної Азії, і Агінський дацан набуває певний вплив в середовищі інших дацанов. Друковані книги-ксилографії, видані в дацанской друкарні, і визнані фахівцями кращими за якістю друку, чіткості та красі складають гордість багатьох востоковедних бібліотек світу.

У 1867 р шереете Агинского дацану Галсан-Жімба Тугулдуров, що став ученим в п'яти науках, написав книгу «Основи астрономії», переклав з тибетського на монгольську мову багато різних книг філософського і художнього змісту. Найважливішою його роботою був тибетської-монгольський словник "Світильник, що роз'яснюють значення слів граматики". Цей словник був одним з перших в Бурятії тибетської-монгольських словників. Його роботи в області тибетського і російської мов в основному переслідували практичну мету. Вони були звернені до бурятам, які знають монгольську писемність, які хочуть опанувати ще тибетським і російською мовами.

На запрошення шереете Г-Ж.Тугулдурова в Цугол прибув великий знавець медицини і авторитетний монгольський лікар (емчі) Чой-манрамба. Він навчив бурятських ченців мистецтву ведення богослужінь, присвячених медичному Будді - Бхайшаджьягуру, і проведення різноманітних медичних ритуалів, спрямованих на зцілення хворих, які страждають тією або іншою недугою. Цугольскій медична школа стала першою в ланцюжку Манбі-дацанов в Забайкаллі, згодом по її моделі стали відкриватися медичні факультети в інших географічних зонах етнічної Бурятії. Г-Ж. Тугулдуров відноситься до тих бурятским діячам, які отримали східне, або буддійське освіту і створювали свої праці на монгольському і тибетському мовами, сприяючи розвитку системи освіти в великих колах.

У 1853 році за клопотанням генерал-губернатора Східного Сибіру М.М. Муравйова та Сибірським комітетом сенату, було затверджено Миколою I «Положення про ламайском духовенство», мало на меті призупинення розвитку буддизму і сприяння християнізації бурят. Але, незважаючи на всебічний контроль, що забороняє будівництво нових Дуганов і скорочення штату буддійського духовенства, ніколи ще за всю історію бурят в такому обсязі не велося будівництво, не закуповувалося обладнання, не відбувались культові атрибути дацанов. Всі жорсткі обмеження, що стосуються діяльності буддійського духовенства, пояснювалися не тільки статтями "Положення про ламайском духовенство Східного Сибіру 1853 г.", не тільки прагненням губернської адміністрації використовувати будь-який привід для демонстрації права державного контролю, а й більш прозаїчними мотивами багатоступінчастого хабарництва рядових чиновників.

При VII-м шереете ламі, Лубсан-Доржи Данжінове з роду шарайд, обраного в 1876 р, відкриваються нові школи. Ензон-Багша разом зі своїм рідним молодшим братом Рінчін-Самбу Данжіновим (емчі-Багша) відкриває в 1884 році факультет тибетської медицини, де навчальний процес факультету будується по аналогу навчальної програми Цугольскій Манбі-дацана. У 1895 році в Агинском дацане будується новий Манбі-дацан, де його настоятелем стає Рінчін-Самбу Данжінов. Емчі-Багша склав рецептурні довідники-Жори з метою замінити імпортну лікарську сировину рослинного походження аналогічними інгредієнтами з забайкальської флори, створивши доступність тибетської медицини для різних верств населення, що мала велику соціальну значимість.

У 1880 році був відкритий факультет Тантри, в 1906 році - факультет Калачакри і Дуйнхор дацан. Габжа лама Лубсан Бальжір лама, з роду сагаангууд, написав в 1908 році універсальний астрологічний трактат «Онцар Шелжі Мелон» - «Прекрасне кришталеве дзеркало». Цей трактат використовуються сучасними ламами Монголії і Росії, для своїх астрологічних обчислень - зурхай.

Щорічно під час хурали Агинского дацану братам Данжіновим Ензон-Багша і емчі-Багша підноситься «ламин согшод» як данина поваги їх величезному внеску розвиток дацану і російського буддизму в цілому.

Розкол, що стався в російському суспільстві початку XX століття торкнувся і Агинского дацану. У Агинском дацане поряд з ламами, які жили за старими традиціями монастиря Лавран, виникає «обновленческое» рух. У зв'язку з цим, буддійським духовенством Агинского дацану в 1927 році було прийнято рішення про зведення на території Сокчо дуга великого 22-х метрового субурган «Юмдун Чоден», переклад якого «ЩоСпонукує до примирення», з метою усунення розбіжностей.

Рубіж XIX-XX ст. можна назвати піком розквіту Агинского дацану. Споруджується статуя Майдари, побудовані всі необхідні культові споруди. Загальний освітній рівень Агинского дацану не поступається провідним монастирям Тибету, Монголії, Бурятії. Ведеться видавнича та перекладацька діяльність, з бурхливим будівництвом Дуганов отримало розвиток бурятское зодчество і канонічна архітектура. Буддизм став важливим фактором формування моральності, народних традицій і звичаїв у бурят.

В рамках проекту "Організація науково-освітнього майданчика для досліджень в сфері джерельної бази тибетської медичної системи", який здійснюється за підтримки Фонду Президентських грантів, викладачі та студенти Агинской буддійської академії продовжують роботу над перекладами на російську мову п'яти творів з "Компендіум тибетської медицини" - 60 -томной колекцію оригінальних текстів, придбаної академією в минулому році на кошти гранту.